La Junta Directiva de la Facultad Internacional de Teología IBSTE es el máximo órgano de autoridad de la institución. Esta Junta Directiva se reúne un mínimo de tres veces al año, y cuantas veces lo considere conveniente por causas excepcionales.
Los miembros que la componen forman parte del conglomerado evangélico español y representan diferentes denominaciones, ministerios y profesiones:
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Manuel Martínez
Rector de la Facultad de Teología IBSTE.
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Matt Leighton
Mission to the World, Decano de Estudiantes y profesor en IBSTE. Anciano iglesia evangélica Vilassar de Mar.
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Carmen Arenas
Pastorado junto a su esposo Evelio en Iglesia en Puertollano (FIEIDE)
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Dámaris Zafra
Directora de Entrust Ministries en España
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Felipe Redondo
Presidente de la Coordinadora de Asamblea de Hermanos
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José Herrero
Coordinador de Promotora Española de Lingüística.
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Mariano Blázquez
Anterior Secretario Ejecutivo de FEREDE
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Ricard Bardés
Pastor de la iglesia FIEIDE de Viladecans y Coordinador de Grado de la EET