La naturaleza de los estudios teológicos, y el carácter de la titulación que oferta la Facultad de Teología IBSTE tiene una clara vinculación eclesial. El ingreso en la Facultad de Teología IBSTE se establece por año académico. La permanencia en la Institución en períodos sucesivos se considerará en relación al rendimiento académico del estudiante y el respeto a las normas de régimen interno establecidas, siendo el Consejo Rector el que determinará la continuidad o no del alumno en cursos sucesivos.

Las mencionadas “Normas de Régimen Interno” no son de tipo académico, sino que regulan las normas de convivencia en la residencia de estudiantes del centro, orientadas hacia el respeto mutuo de los estudiantes que conforman el programa residencial de estudios. Este reglamento se rige por principios de respeto y de tolerancia fundamentada en principios cristianos, propio de una institución que pretende formar ministros de culto y responsables de diferentes áreas profesionales en el ámbito de la Iglesia Evangélica o Protestante. Este reglamento está accesible en la web de la Facultad.

La Facultad de Teología IBSTE, considera también el perfil de estudiante a tiempo parcial (TP), y Asignaturas Sueltas (AS). Estos perfiles se orientan a todos aquellos estudiantes que, por razones de tiempo, de recursos económicos, discapacidad u otras causas, no disponen de la facilidad de cursar estudios a tiempo completo. En estos casos no se establece un tiempo determinado de permanencia. El Consejo Rector (CR) estudiará cada caso y sus circunstancias para determinar el progreso del estudiante y proveer el asesoramiento necesario para su permanencia.

El Consejo Rector estudiará las solicitudes de prórroga de estudios. Alumnos a TC y TP que necesiten una prórroga en sus estudios deberán solicitarla al Consejo Rector, indicando las circunstancias y documentos necesarios que justifiquen dicha prórroga. Si la prórroga es superior a dos años, cuando el estudiante se reincorpore al plan de estudios, se realizará un nuevo proceso de admisión incluyendo la Transferencia de Créditos obtenidos anteriormente.

El Consejo Rector presentará a los alumnos el programa curricular y sus condiciones al inicio del año académico. Para superar el curso académico, el alumno a T.C. deberá tener un mínimo de 50 créditos ECTS aprobados del curso anterior. En caso contrario, perderá su estatus de estudiante a T.C. y pasará a la modalidad de T.P. En el caso de asignaturas suspendidas y no recuperadas, el alumno deberá volver a matricularse de dichas asignaturas y pagar íntegramente el importe de los créditos correspondientes.

El número de convocatorias por asignaturas a las que tienen derecho los alumnos se establece en un máximo de tres, entendiéndose automáticamente suspendida cualquiera de ellas si el alumno no se presenta a la prueba final. Por razones extraordinarias, debidamente probadas, el Decano tendrá la facultad de conceder una convocatoria única de gracia siempre que la solicite el alumno, previa consulta al Consejo Rector.​